Die zusätzlichen Kontrollen werden von der QS-Geschäftsstelle ausgewählt und von neutralen Zertifizierungsstellen durchgeführt. Die Kosten für die Durchführung der Stichprobenaudits trägt QS. Lehne ein Systempartner die Durchführung des Stichprobenaudits generell ab, prüfe die Zertifizierungsstelle, ob die vorgebrachte Begründung nachvollziehbar und ausreichend ist, so QS weiter. Sei die Auditablehnung begründet, werde es nicht durchgeführt. Im gegenteiligen Falle wird es mit einem 'General-K.O.' bewertet, was zum Verlust der Zulassung und zur Einleitung eines Sanktionsverfahrens führen kann.