Wichtig sei Alnatura, dass möglichst viele Frischeprodukte aus der Region stammen, denn damit werden nicht nur Arbeitsplätze in der heimischen Landwirtschaft und im Handwerk gesichert. Kurze Transportwege sind auch ein Beitrag zum Umweltschutz und gewährleisten, dass die gelieferten Waren tagesfrisch sind. Regionales Gemüse erhalte die Filiale beispielsweise vom Bioland-Lammertzhof in Kaarst.
Auch bei der Gestaltung der Alnatura Super Natur Märkte lege das Unternehmen großen Wert auf Nachhaltigkeit. So bestehe die Ladeneinrichtung in den Filialen vorwiegend aus dem nachwachsenden Rohstoff Holz, aus Natursteinfliesen und recycelten Materialien. Alle verwendeten Materialien werden material- und energiesparend hergestellt und eingesetzt. Die Wände sind mit Naturfarben gestrichen, Glastüren vor den Kühlregalen sparen Energie.